Бальмаседа создал армию в 40 тысяч солдат, назначил новый состав Конгресса и добился в июне 1891 года избрания своего сторонника Клаудио Викуньи президентом страны. Однако мятежники (они называли себя «армией Конгресса» и считали мятежником Бальмаседу) захватили селитряные провинции и получили солидное финансовое преимущество перед законными властями.
7 марта 1891 года мятежники нанесли решительное поражение уступавшим им по численности войскам Бальмаседы на севере в битве при Посо-Альмонте. Разрозненные части президентской армии стали отступать к боливийской границе. Одна колонна бальмаседистов героически пробилась в центральную часть Чили, два раза переходя через Анды.
Зато на море путчистов подстерегала серьезная неудача – новейший торпедный катер правительственных сил 23 апреля всего одной торпедой потопил флагман мятежного флота «Бланко Энкалада». Корабль затонул в считаные минуты, унеся с собой в пучину 300 членов экипажа.
В июле 1891 года мятежники перешли в генеральное наступление против деморализованных поражением на севере правительственных войск. Атака стала возможной после закупки оружия и боеприпасов в Великобритании, переправленных в Чили через Фолклендские острова и Магелланов пролив. За тактическую подготовку войск отвечал начальник штаба армии мятежников Эмиль Кернер. Часть армии путчистов получила на вооружение новейшие итальянские винтовки «манлихер каркано».
10 августа 1891 года 10 тысяч прекрасно вооруженных и обученных мятежников высадились недалеко от Вальпараисо. Но Бальмаседа не пал духом и организовал оборону на реке Аконкагуа, прикрывая столицу. 20 августа мятежники начали штурм укрепленных позиций правительственных сил. Современное вооружение и тактика Кернера сделали свое дело: армия президента была разгромлена, потеряв 1600 человек убитыми и ранеными. 1500 пленных вступили в «армию Конгресса». Это позволило мятежникам с лихвой восполнить собственные тяжелые потери – более 1000 человек.
28 августа 1891 года состоялось решающее сражение гражданской войны – битва при Ла-Пласилье, отличавшаяся крайним упорством и ожесточением. Правительственные войска потеряли 941 человека убитыми и более 2000 ранеными. Потери мятежников также были чувствительными – 1800 убитыми и ранеными. Исход гражданской войны был предрешен, так как армия президента фактически прекратила свое существование.
Бальмаседа решил передать власть генералу Бакедано, рассчитывая на честность и порядочность героя Тихоокеанской войны. Бакедано согласился, и 29 августа 1891 года Бальмаседа укрылся в здании аргентинского посольства. Католическая церковь приветствовала поражение президента радостным перезвоном колоколов. Новый президент немедленно выпустил на свободу сторонников мятежа, и те начали грабить дома Бальмаседы и его родственников. 31 августа в Сантьяго прибыли руководители мятежников. Перед этим Бакедано покинул президентский дворец «Ла Монеда».
Мятежники блокировали посольство Аргентины, но Бальмаседа не собирался сдаваться. 18 сентября 1891 года истек срок его полномочий. Глава государства застрелился. Почти через 100 лет его судьбу повторил другой выдающийся патриот Чили – Сальвадор Альенде, героически погибший на своем посту.
Бальмаседа стал идолом всех прогрессивных сил в Чили. Была даже образована партия бальмаседистов – имя покойного президента стало своего рода политической программой. В основе этой программы лежали экономический национализм, борьба против засилья иностранного капитала и содействие социальным реформам в стране.
В гражданской войне 1891 года впервые на стороне реакции выступила значительная часть чилийской армии, прежде всего флот. До этих событий чилийские военные всячески подчеркивали свою аполитичность и нежились в ореоле славы победителей в Тихоокеанских войнах. Но даже и в 1891 году командование ВМС пыталось объяснить свой мятеж борьбой за сохранение конституционного строя от посягательств президента-узурпатора. Именно поэтому мятежники в мундирах предварительно заручились санкцией Конгресса. То же самое произойдет в 1973 году – мятеж против президента, опираясь на парламентскую оппозицию, начнет флот.
Ошибкой Бальмаседы было то, что он не стал апеллировать к народу. Истинный либерал XIX века, президент считал, что население пока не созрело для активной роли в преобразованиях и эти преобразования должны проводиться сверху патриотической элитой страны. Однако элита Чили и в то время, и позже была тесно связана с иностранным капиталом и патриотической считаться никак не могла.
Итак, первая попытка осуществления прогрессивных глубоких реформ в Чили была потоплена в крови.
Период 1891–1920 годов вошел в историю Чили как период парламентского правления. Основные буржуазные партии – консерваторы, либералы, радикалы, националисты, а позднее и бальмаседисты – делили между собой депутатские мандаты и согласовывали кандидатуры на президентский и министерские посты. Места депутатов фактически продавались тем, кто мог за них заплатить. По сути, в стране господствовала финансовая олигархия, прикрываясь лозунгами демократии и защиты Конституции.
В начале XX века американский капитал постепенно прибрал к рукам чилийскую медную промышленность. В 1900 году все американские капиталовложения в Чили составляли 5 миллионов долларов – цифра более чем скромная. К началу Первой мировой войны эта сумма выросла до 200 миллионов. Американцы активно вкладывали средства и в освоение чилийских месторождений железной руды.